Храм святого Станислава был построен на месте бывшего дома первого католического митрополитаРоссийской империи Станислава Богуш-Сестренцевича, который, переехав в другой дом, пожертвовал на строительство храма участок земли на углу улиц Мастерской и Торговой (ныне Союза Печатников) и деньги.
Строительство храма шло с 1823 по 1825 год, автором проекта стал итальянский архитектор Давид Висконти. По окончании строительства церковь была освящена во имя святого Станислава 94-летним митрополитом Богуш-Сестренцевичем, а через год митрополит скончался и был похоронен в храме. Церковь св. Станислава стала вторым католическим храмом Петербурга вслед за собором св. Екатерины. Несмотря на небольшой размер храма, приход быстро рос, и к 1917 году число прихожан превышало 10 000 человек.
В 1829 при храме было открыто начальное училище им. Сестренцевича. С 1887 по 1921 в храме служил знаменитый благотворитель, видный деятель Католической Церкви в России епископ Антоний Малецкий, о чём внутри сейчас напоминает мемориальная доска.